Les collections d’histoire naturelle ont émergé dès la Renaissance, mais leur essor s’est véritablement affirmé aux XVIIe et XVIIIe siècles, avec le développement des sciences modernes et des explorations scientifiques. Les premiers « cabinets de curiosités », rassemblant minéraux, plantes séchées, squelettes ou spécimens exotiques, étaient souvent constitués par des savants ou des mécènes avant d’être intégrés à des musées ou universités.
Ces collections, comme celles du Musée des Confluences (ancien musée Guimet) ou du Jardin des Plantes à Paris, servaient à la fois d’outils pédagogiques pour l’enseignement de la botanique, de la zoologie ou de la géologie, et de supports pour la recherche scientifique. Au XIXe siècle, avec la professionnalisation des disciplines et la multiplication des expéditions naturalistes, les universités ont systématisé la constitution de collections, jouant un rôle clé dans la classification des espèces et la diffusion des connaissances.
Des Ecoles centrales à la faculté des sciences
Avant la Révolution française, les établissements universitaires en France étaient principalement organisés autour des universités d’Ancien Régime, héritées du Moyen Âge. Ces institutions, souvent liées à l’Église, ont été supprimées par la Convention nationale entre 1792 et 1793, dans le cadre de la réorganisation radicale de l’enseignement et de la laïcisation de la société.
A Lyon, quelques écoles de l’ancien régime survécurent, par exemple l’Ecole vétérinaire, et d’autres furent créées, par exemple l’Institut pour l’Education Publique en 1792.
Puis les écoles centrales virent le jour en France par la loi du 25 octobre 1795 (3 brumaire an IV) sous la Révolution française, dans le cadre de la réorganisation de l’enseignement public. Elles remplacent les anciens collèges religieux et visent à démocratiser l’éducation en offrant un enseignement laïque, gratuit et scientifique à un public plus large.
À Lyon, l’Ecole Centrale, créée par la Convention, dispense des cours d’histoire naturelle dans les bâtiments de l’ancien collège des Oratoriens, connu sous le nom de Collège de la Trinité (ou Grand Collège) situé dans le centre de Lyon sur l’emplacement actuel du Lycée Ampère. Ce bâtiment, confisqué à la Révolution, a servi de cadre à l’École centrale jusqu’à sa suppression en 1802.
Dans cette Ecole Centrale du Rhône, c’est Jean-Emmanuel Gilibert (1741-1814) qui est chargé de l’enseignement de l’histoire naturelle. Il met en place un cabinet d’histoire naturelle ainsi qu’un jardin botanique. Les collections constituées alors, sont à l’origine du fonds de l’actuel Musée des Confluences.
La loi du 11 floréal an X votée le 1er mai 1802 sous le Consulat de Napoléon marque un tournant : les lycées remplacent les écoles centrales, et l’enseignement secondaire est recentralisé sous l’autorité de l’État, préparant la création de l’Université impériale en 1806. A Lyon, le Grand Collège devient alors le Lycée Impérial de Lyon et est placé, en 1808, sous la tutelle de l’Université impériale. Entre 1808 et 1816, il abritera non seulement le rectorat et l’inspection académique, mais aussi des facultés éphémères (lettres, sciences, théologie), que les universités lyonnaises ultérieures ne considéreront pas comme leurs ancêtres.
Le 10 mai 1806, Napoléon Ier fonde l’Université impériale, une institution centralisée dotée du monopole de l’enseignement en France. Placée sous l’autorité d’un grand maître, elle est organisée en 22 académies régionales. Chaque académie comprend trois facultés dites « professionnelles » (théologie, droit et médecine) et deux facultés « académiques » (sciences et lettres), ces dernières étant rattachées au lycée du chef-lieu de l’académie. L’Académie de Lyon est installée en 1810.
Si Gilibert conserve sa chaire dans un cadre municipal, c’est désormais Marie Jacques Philippe Mouton-Fontenille de La Clotte, qui enseignait déjà la botanique au Lycée de Lyon, qui est chargé de l’enseignement de l’histoire naturelle à la première Faculté des sciences (1808-1815), établie dans le cadre de l’Université impériale. Naturaliste complet, il publia, avec l’aide de Jacques-Marie Hénon (professeur à l’Ecole vétérinaire), des Observations et expériences sur l’art d’empailler et de conserver les oiseaux, et prépara lui-même près de 3000 spécimens qu’il organisa en « herbiers d’oiseaux ». En parallèle de celui constitué par Gilibert, Mouton-Fontenille ouvre son propre cabinet d’histoire naturelle et l’ouvre au public.
Autorisé par M. le Recteur de l’Académie, à me livrer à la préparation des objets qui doivent former ce Cabinet, j’ai empaillé dans l’espace de six mois, centre trente-un individus, tant Oiseaux que Quadrupèdes
Mouton-Fontenille J.-P., 1811a. Traité élémentaire d’ornithologie, contenant : 1° Les Principes et les Généralités de cette Science ; 2° l’Analyse du Système de Linné sur les Oiseaux ; 3° la Synonymie de Buffon ; 4° les Caractères des Genres ; 5° la Description et l’Histoire des Espèces Européennes ; suivi de l’Art d’empailler les Oiseaux avec Dix Planches en Taille-douce. Lyon, Yvernault et Cabin, i-xxxij, 1-159, pl. I-V.
Il ne reste malheureusement que peu de trace de ce cabinet d’histoire naturelle et nul ne sait si des spécimens subsistent dans les collections d’histoire naturelles actuelles.
Dès la Seconde Restauration, le 17 février 1816, une ordonnance supprime brutalement dix-sept facultés de lettres et trois facultés de sciences. Lyon ne conserve que des commissions d’examen pour le baccalauréat, sans enseignement supérieur scientifique organisé. Les cours scientifiques sont alors principalement dispensés dans des institutions locales (Académie des sciences, belles-lettres et arts de Lyon) ou par des savants isolés. La faculté des sciences étant suspendue, Mouton-Fontenille perd sa chaire d’histoire naturelle et devient conservateur du Cabinet d’histoire naturelle de la ville. Il est probable que les collections des deux cabinets aient fusionnées à ce moment-là et que les collections personnelles de Mouton-Fontenille y aient été ajoutées (dons ou achats).
Les facultés lyonnaises ne voient le jour que plus tard :
- 1833 : Faculté des sciences
- 1838 : Faculté des lettres
- 1839 : Faculté de théologie (devenue Faculté Catholique)
- 1875 : Faculté de droit
- 1877 : Faculté de médecine et pharmacie
De la faculté des sciences à l’Université de Lyon
La « véritable » faculté des sciences de Lyon ne fut officiellement créée qu’en 1833, dans le cadre de la réorganisation de l’enseignement supérieur sous la monarchie de Juillet. La chaire de zoologie fut confiée à Claude Jourdan, qui, en parallèle, dirigeait le Museum d’histoire naturelle depuis 1832 à la suite de Mouton-Fontenille. Il était en effet établi que les directeurs du Museum et du Jardin Botanique seraient issus du corps professoral de la faculté ou, au minimum, du milieu universitaire. Cette « pratique » perdura jusqu’à la fin du XXe siècle.
La Faculté s’installa d’abord dans des locaux provisoires, au Lycée ou dans des salles exiguës du Palais Saint-Pierre, puis se rassembla avec plus de confort dans la nouvelle aile du Palais construite en 1865. On trouvait alors dans le bâtiment : la faculté des sciences ; le cabinet, devenu Museum en 1830 ; une bibliothèque spécialisée et d’autres services municipaux.
En 1869, Jourdan fut remplacé par Louis Lortet, médecin naturaliste, à la fois à la faculté et à la tête du Museum. Lortet devint, en 1877, le premier doyen de la faculté mixte de Médecine et de Pharmacie. Il quitta donc la chaire de zoologie (mais garda son poste à la direction du Museum de Lyon).
Entre 1876 et 1890, Jules Ferry et ses successeurs œuvrent à la reconstruction des facultés en collaboration avec les municipalités. Ils leur attribuent un budget, instaurent des chaires professorales et, par le décret du 28 décembre 1885, leur accordent un statut officiel. Ce texte organise la fonction de doyen, secondé par une assemblée chargée des questions pédagogiques (professeurs, enseignants et étudiants), ainsi qu’un conseil d’administration responsable de la cooptation des enseignants, réservé aux professeurs titulaires.
Louis Lortet fut remplacé par Henri Sicard, qui resta en fonction jusqu’à son décès en 1894.
Nous n’avons que très peu de traces des collections existant à l’époque à la Faculté des sciences. Toutefois, certaines sources évoquent un don possible de spécimens venant de l’Ecole normale secondaire spéciale de Cluny, suite à sa fermeture en 1893. Actuellement dans les collections, une collection d’œufs provient de cette école.
10 juillet 1896 : Les facultés existantes sont regroupées sous le nom d’Université de Lyon qui s’établit quai Claude Bernard (ancien quai de la Vitriolerie), dans le palais Hirsch, inauguré par le Président de la République Félix Faure, le 1er mai 1896.
Dictionnaire illustré des communes du département du Rhône. Tome 2 / par MM. E. de Rolland et D. Clouzet.
Bibliothèque nationale de France
René Koehler prend la suite d’Henri Sicard à la chaire de zoologie. Il restera à la tête des collections de zoologie jusqu’en 1930.
Si les liens sont étroits (et les limites parfois floues) entre le Museum et la Faculté des sciences, cela ne dispense pas cette dernière de constituer ses propres collections, par exemple pour les besoins de l’enseignement. René Koehler, spécialiste des échinodermes, va jouer un rôle majeur dans la constitution et l’enrichissement des collections de zoologie, notamment grâce à la campagne océanographique du Caudan et à l’envoi de spécimens du monde entier pour détermination. C’est principalement après son arrivée à la chaire de zoologie que les collections que nous conservons toujours à l’heure actuelle sont formées.
Le 12 novembre 1968, la loi Edgar Faure, officiellement appelée loi d’orientation de l’enseignement supérieur (loi n°68-978), est promulguée. Elle constitue une réforme majeure de l’enseignement supérieur en France, marquée par le contexte des événements de Mai 68. La loi encourage la division des grandes universités pour éviter la surpopulation. A Lyon, en 1970, l’Université de Lyon est divisée en trois universités distinctes : Lyon 1, Lyon 2 et Lyon 3.
De l’Université de Lyon à l’Université Claude Bernard Lyon 1
L’Université Claude Bernard Lyon 1 est créée par décret en décembre 1970. Elle est nommée d’après le célèbre physiologiste et s’installe sur le campus de la Doua, inauguré en 1967.
Les collections de zoologie prennent place dans le bâtiment DARWIN.
Les responsables des collections de 1894 à aujourd’hui
- 1894 à 1930 : René KOEHLER
- 1930 à 1939 : Clément VANEY
- 1939 à 1960 : Edmond SOLLAUD
- 1960 à 1974 : Jacques WAUTIER
- 1974 à 1993 : Albert-Louis ROUX & Jacques JUGET
- 1994 à [2009] : Janine GIBERT
- [2009] à 2022 : Michel CREUZE-DES-CHÂTELLIERS
- 2022 à aujourd’hui : Bernard KAUFMANN & Blandine BÄRTSCHI
Sources
- Audibert C., 2020. Marie Jacques Philippe Mouton-Fontenille de la Clotte et Jean-Emmanuel Gilibert : rivalités et rancœurs entre deux figures de la botanique lyonnaise. Colligo, 2(2). https://perma.cc/ZVB8-RAQM
- Les racines de l’Université de Lyon, https://faluche.info/les-racines-de-l-universite-de-lyon/ (consulté le 26/01/2026)
- Du Muséum au Musée des Confluences, vol. 1. La passion de la collecte : aux origines du musée des Confluences. XVIIe-XIXe siècles (2008).