Durant la seconde moitié du XIXe siècle, il a été observé en France un intérêt croissant des zoologistes et botanistes pour les organismes marins et l’océanographie de manière plus globale. Pour en témoigner, en une trentaine d’années, il y a eu la fondation de nombreuses stations de recherches marines dont la première fut Concarneau en 1859. Ces premiers laboratoires étaient essentiellement consacrés à la taxonomie et autres études faunistiques et floristiques, il n’y avait que peu d’études dédiées à la physiologie. C’est en partie pour répondre à cette problématique que Marius Michel Pacha (1819-1907) et Raphaël Dubois (1848-1929) vont collaborer afin de fonder le célèbre Institut Michel Pacha.
Dans la baie du Lazaret à la Seyne-sur-Mer (Var), se lance alors en 1891 les travaux de construction du premier bâtiment de l’Institut Michel Pacha. Son architecte fut le suisse Paul Page, ami de Michel Pacha. Les travaux s’achèvent en 1899, et sont suivis de l’inauguration en 1900. Un second bâtiment sera construit en 1966, ainsi que d’autres annexes telles des bassins à terre, des bassins viviers en mer et des volières.
A l’origine de la fondation
Raphaël DUBOIS (1949-1929)
Raphaël Dubois est un physiologiste né le 20 juin 1849 au Mans. Après avoir suivi un parcours universitaire tourné vers la médecine à la Faculté de Tours, il devient préparateur de botanique et de chimie à l’Ecole de médecine et de pharmacie de Paris. Il continue ses études à la Sorbonne et devient d’abord préparateur de physiologie pour Paul Bert et puis rapidement sous directeur du laboratoire d’optique physiologique des Hautes études dans le cadre de ses travaux sur la bioluminescence qui lui valent par ailleurs une certaine reconnaissance. En effet, avec des travaux anatomiques et histologiques sur les organes photogènes du pyrophore (insecte coléoptère), il détermine les caractéristiques physiques de la lumière bioluminescente et découvre ainsi le mécanisme de la biophotogénèse. Ce travail constitue sa thèse de doctorat en sciences qu’il soutient en 1886. Dès l’année suivante, il devient professeur de la Chaire de physiologie générale et comparée de la Faculté des Sciences de Lyon.
Très vite, Raphaël Dubois a voulu étendre ses recherches en bioluminescence à d’autres organismes que le pyrophore et notamment à des organismes marins. Pour mener à bien ses recherches, il a ainsi besoin d’un laboratoire de biologie maritime portant sur la physiologie. Il va alors se rapprocher du commandant Marius Michel Pacha, officier de marine. Ensemble ils vont fonder à Tamaris une station nommée l’Institut Michel Pacha. En 1890, Raphaël Dubois en devient le premier directeur et ne prend sa retraite qu’en 1919. Il reste néanmoins vivre à Tamaris et y meurt en 1929.
Michel Pacha (1819-1907)
Michel Pacha, de son nom complet Blaise Jean Marius Michel de Pierredon (1819-1907), est un officier de marine et homme d’affaires ayant fait fortune comme directeur général des phares et balises de l’Empire Ottoman. Devenu Pacha de l’Empire Ottoman, il est surnommé Michel Pacha. Il a aussi été un négociant avisé de la Corne d’or. Il fait la rencontre de Raphaël Dubois en 1890. L’entente des deux hommes entraîne ce projet de grande ampleur, la construction d’une station maritime. Ainsi, Michel Pacha fait don au département de biologie de l’Université de Lyon d’un important terrain sur la commune de La Seyne-sur-Mer (2700m²) et d’un un stock de matériaux pour la construction de la station. Sous quelques conditions, par exemple le fait que la station doit porter le nom de “Michel Pacha”, qu’elle doit être de style mauresque, face à la mer et que le directeur de la station soit le titulaire de la Chaire de physiologie de la Faculté des Sciences de Lyon, la station peut enfin voir le jour.
Successions des directeurs de l’Institut et ce qu’ils ont apporté
A la direction de l’Institut mais aussi du laboratoire de physiologie de l’Université de Lyon, vont se succéder de nombreux chercheurs apportant chacun leur pierre à l’édifice.
Le premier succédant à Raphaël Dubois fut Edmond Couvreur, physiologiste, qui dirigea la station de 1924 à 1926 depuis l’Université de Lyon. Il laisse ainsi Raphaël Dubois s’occuper de Tamaris malgré sa retraite étant donné qu’il y habitait toujours.
Le suivant est Henri Cardot, qui dirige de 1926/27 à 1941/42. C’est un naturaliste et physiologiste parisien. Ayant à cœur d’ouvrir la station sur l’extérieur, de nombreux chercheurs français et étrangers viennent y travailler. Nous pouvons citer des noms tels que Léon Binet, Jeanne Lévy ou John Needham. Grâce à cela la station accueille en 1936 la dixième réunion annuelle de l’Association des Physiologistes accentuant la notoriété de l’Institut.
Durant la Seconde Guerre mondiale, l’Institut a été occupé par les troupes italiennes puis allemandes à partir de 1941. Après la Libération, les locaux sont en ruine, nécessitant des travaux conséquents. Daniel Cordier va alors reprendre l’institut en main et entreprend une restauration de grande ampleur des bâtiments. L’Institut ne rouvrira qu’en 1948 et les activités de recherche reprennent attirant des chercheurs comme Gabriel Pérès qui jouera un rôle important pour la station durant la seconde moitié du XXe siècle.
Gabriel Pérès succède alors à Daniel Cordier dès 1960 et reste à la direction jusqu’en 1987. Docteur vétérinaire et professeur de physiologie à Lyon, il consacre ses travaux aux animaux aquatiques, à la nutrition des poissons et aux variations physiques du milieu marin. Il a également une large expertise en écotoxicologie. Prenant son rôle au sérieux, il permet d’en faire une station pérenne. Un nouveau bâtiment est d’ailleurs construit abritant un grand laboratoire et des chambres pour les étudiants stagiaires.
Gérard Brichon prend la direction de la station dès 1988. Maître de conférences, il travaille à temps complet à l’université de Lyon et permet de développer de nombreuses collaborations avec des universités étrangères. Par exemple, il y a le laboratoire du professeur Jean-Michel Weber de l’Université d’Ottawa, l’Université de Duke avec le professeur Yussuf Annun ou encore l’Université de Lodz en Pologne. Également une collaboration se met en place avec le Service de santé des armées, à Toulon, avec l’Institut de physiologie fédérative de Lyon, et avec la station INRA à Saint-Pée-sur-Nivelle.
La fermeture
Le 1er mai 2008, sous la présidence de Lionel Collet, l’Université Claude Bernard décide de fermer l’Institut. Officiellement, cette fermeture se fait pour répondre à une réduction des crédits de la recherche de l’Etat dans le cadre d’un programme d’autonomie des universités. Elle peut aussi s’expliquer par un non-respect des consignes de sécurité de l’époque. Les coûts de mise aux normes avaient été jugés trop élevés et non prioritaires. Une instabilité du domaine de physiologie de l’UCBL suite à la dissolution de l’UMR 5123 “Physiologie intégrative cellulaire et moléculaire” vient également appuyer cette décision. Néanmoins, l’Institut Michel Pacha reste propriété de l’UCBL.
Durant ses années de service, d’importantes avancées dans le domaine de la physiologie ont pu se faire permettant à l’Institut d’acquérir une renommée internationale. Il était également un lieu d’enseignement privilégié et hébergeait des cours théoriques et pratiques pour les étudiants de l’université. Nous pouvons citer par exemple des cours donnés dans le cadre d’un DEA, devenu master de deuxième année, de physiologie et d’adaptation à l’environnement extrême. Ce master a d’ailleurs été créé par Gérard Brichon.
Depuis 2022, l’Institut est en cours de rénovation dans le but d’en faire un centre de séminaires scientifiques. Ce projet de réhabilitation du bâtiment principal a été sélectionné dans le cadre de la mission Patrimoine en 2023.
Les archives de l’Institut biologique de Lyon Michel Pacha sont actuellement conservées aux Archives départementales du Var.
Collections
Créé en 1891 à Tamaris, sur les rives de la rade de Toulon, le Laboratoire maritime de Physiologie de l’Université de Lyon servait d’annexe à la chaire de Physiologie générale et comparée de la Faculté des sciences. Dès 1900, Raphaël Dubois, y a rassemblé une richesse d’espèces marines, principalement collectées dans les eaux toulonnaises.
Pour enrichir ses recherches, Dubois avait négocié avec la mairie de La Seyne-sur-Mer une prime pour les pêcheurs locaux qui lui apportaient des spécimens rares. Cette collaboration a permis de mettre au jour des espèces jusqu’alors inconnues sur les côtes françaises. Les échantillons, étudiés par des spécialistes de renom — comme Roule pour les poissons —, ont parfois été cités dans les monographies de la Faune de France.
Les collections furent présentées dans une salle dédiée, aménagée avec du mobilier offert par son ancien élève, Auguste Lumière. Bien qu’il ait envoyé des spécimens aux laboratoires lyonnais, ceux-ci semblaient davantage destinés à soutenir l’enseignement qu’à enrichir les collections existantes.
Le laboratoire a également accueilli des chercheurs de la Faculté des sciences de Lyon, parmi lesquels Caullery, Vaney et Conte. En revanche, le sort réservé aux échantillons qu’ils ont prélevés reste mal connu.
Photo extraite de Regards sur l’histoire de La Seyne-sur-Mer N° 9
« L’institut Michel Pacha Une station maritime à La Seyne-sur-Mer » par Gérard Brichon Directeur de l’Institut Michel Pacha
L’Institut Michel Pacha fut ensuite petit à petit délaissé jusqu’à sa fermeture en 2008. Une partie des collections qui s’y trouvaient a été rapatriée sur le campus de la Doua en 2009. Environ 350 spécimens ont été inventorié. Vu leur état de dégradation avancée, très peu d’entre eux ont pu être conservés. Un herbier d’algues marines de la rade de Toulon, constitué par Marcel Guinochet, et lui ayant servi pour sa première publication dans le Bulletin de la société botanique de France en 1927, a été transféré à l’Herbier de l’Université LY.
Un autre rapatriement, en 2018, a permis de mettre à l’abri d’autres spécimens, notamment des ouvrages de biologie et la collection de coquilles de l’abbé Ollivier.
Nul ne sait ce que sont devenus les spécimens laissés sur place à cette date.
Collection de Raphaël Dubois
Dans les spécimens revenus de l’Institut, aucun signe distinctif ne permet de dire s’ils proviennent ou non de la collection rassemblée par Raphaël Dubois. Une collection de perles d’eau douces porte une étiquette « Raphaël Dubois », mais rien ne dit qu’elle provient des collections de l’Institut.
Il existait sur place une collection de documents scientifiques, tirés-à-part, réunie par Raphaël Dubois (chaque tiré-à-part portant sa signature).
Collection de coquilles de l’île de Porquerolles réunie par l’abbé Ollivier
En 2018 a été récupérée la riche collection de près de 300 espèces marines de coquilles de Porquerolles constituée par l’Abbé Ollivier et déterminées par Philippe Dautzenberg, malacologiste de la fin du XIXe siècle, dans les années 1880.
Louis Laurent Généraux (1814-1896), plus connu sous le nom de l’Abbé Ollivier ou Père Ollivier, était un chapelain militaire et aumônier du dépôt des Convalescents des Soldats d’Afrique.
C’est à l’origine pour des raisons de santé qu’il arrive en premier lieu à Porquerolles, une île faisant partie des îles d’Hyères, en 1844. Reconnu pour ses travaux de naturaliste et de botaniste, il ouvre un musée local afin d’exposer et de partager ses nombreux spécimens et objets collectés. Nous y retrouvons à l’origine tant des collections de sciences naturelles que de l’archéologie. A son décès, ses collections ont été dispersées et c’est Emile Jahandiez, botaniste et naturaliste, qui récupère sa collection malacologique pour la confier vers 1900 à l’Institut Michel Pacha. Les spécimens seront placés dans des vitrines d’exposition dès 1908 avant d’être essentiellement utilisées à des fins pédagogiques durant la seconde moitié du XXe, après la Seconde Guerre mondiale.
Publications
- Pierre NOËL et Gérard BRICHON. Les mollusques de Porquerolles à la seconde moitié du XIXe siècle, d’après la collection de l’Abbé Ollivier
- DUBOIS, Raphaël. Application des rayons X à la recherche des perles fines
- DUBOIS, Raphaël. Sur les perles de nacre
- DES CHESNES, Georges. Les Iles d’Hyères. Une excursion à Porquerolles (1886)
Sources
- Du Muséum au Musée des Confluences, vol. 1. La passion de la collecte : aux origines du musée des Confluences. XVIIe-XIXe siècles (2008).
- Bugat, Pascale. « Les archives de l’Institut Michel Pacha ou l’occasion, pour une archiviste, de découvrir un scientifique humaniste. » Histoire de la recherche contemporaine. La revue du Comité pour l’histoire du CNRS, no Tome III-N°2, décembre 2014, p. 185‑89. journals.openedition.org, https://doi.org/10.4000/hrc.858.
- Archives des collections de zoologie de l’UCBL (dossier Tamaris : document “Projet d’exposition “Un siècle de recherches physiologiques à la station maritime de biologie de tamaris » (Christian Bange)
- L’Institut biologique de Lyon à Tamaris (1900-2008) : 1-Historique – La Seyne en 1900. https://www.laseyneen1900.fr/2020/08/06/linstitut-biologique-de-lyon-a-tamaris/. Consulté le 10 novembre 2025.
- Stations maritimes — Histoire de l’Institut Michel Pacha :focus sur les années 2008 – 2019. https://sciences-medias.fr/blogs/stations-maritimes/tamaris/focus/. Consulté le 10 novembre 2025.
- https://www.portcros-parcnational.fr/sites/portcros-parcnational.fr/files/36687ea191fc01afd3344ca602d132a7.pdf
- Étude monographique des spongiaires de France ; 1. Tetractinellida ; par E. Topsent ; 1894
- Histoire chronologique des iles d’Hyères par Jean Claude BRENAC; Une histoire de la Provence, de la ville, de la rade et des Iles d’Hyères, ; Texte du Site Internet de Jean Claude BRENAC : « Histoire chronologique des Iles d’Hyères, de l’Antiquité à nos jours » ; http://perso.wanadoo.fr/jean-claude.brenac/Iles_d’Hyeres.html
- LES ILES D’HYÈRES UNE EXCURSION à PORQUEROLLES ; Par G. DES CHESNES ; 1886
- Raphaël Dubois et la bioluminescence par Interfaces/fonds anciens BU Lyon · Publié 10 mai 2015 · Mis à jour 9 septembre 2015. https://bibulyon.hypotheses.org/5941 (consulté le 09/02/2026)